春
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梅、白梅、紅梅梅、白梅、紅梅咲時期：2月下旬～4月上旬本 数：20本ほど場 所：名勝庭園「蓬莱庭」、三重塔周辺、表参道など
八重咲きの紅梅、白梅は共に樹齢約380年にもなり、古木の枝ぶりもよく、生命力溢れる花を咲かせる。
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ショウジョウバカマショウジョウバカマ咲時期：3月下旬～4月中旬本 数：1000本以上場 所：境内全域境内で一番早く開花する山野草で、淡紅色で小さいながらも逞しい花を咲かせる。
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桜桜咲時期：3月下旬～4月下旬本 数：山桜20本ほど、染井吉野20本ほど、しだれ桜2本、阿亀藤桜3本、寒緋桜2本場 所：参道、本堂周辺など不断桜と共に山桜、染井吉野、しだれ桜、阿亀藤桜、寒緋桜といった桜たちが満開となる。中でも参道半ばのしだれ桜は樹齢約200年の老木。
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日本石楠花 シャクナゲ日本石楠花 シャクナゲ咲時期：4月上旬～5月上旬本 数：10本ほど場 所：名勝庭園「蓬莱庭」全て日本シャクナゲで、池のほとりに咲く様子がなんとも儚げ。
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ドウダン ツツジドウダン ツツジ咲時期：3月下旬～5月上旬本 数：50本ほど場 所：名勝庭園「蓬莱庭」、本堂・三重塔周辺など
樹齢約380年の古木もあり、ベニドウダン、サラサドウダン、ベニサラサドウダンなどがある。秋の紅葉もすばらしい。
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ツツジ、山ツツジ、モチツツジツツジ、山ツツジ、モチツツジ咲時期：5月上旬～ 中旬本 数：100本位場 所：境内
古木が多く、山ツツジなど淡いピンク色の花が咲くと可憐である。
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紅花トキワ マンサク紅花トキワ マンサク咲時期：5月上旬～ 下旬本 数：1本場 所：本坊表庭濃紅色の花はやさしくもあでやかである。花期が長く、満開時は全樹が紅色につつまれる。
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郁子 ムベ （アクビ科）郁子 ムベ （アクビ科）咲時期：5月上旬～ 下旬本 数：2本場 所：本坊表庭淡い紫をおびた白緑色の花で、実はアケビに似ている。
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サツキ （日本サツキ）サツキ （日本サツキ）咲時期：5月中旬～ 6月中旬本 数：300本位場 所：境内、 特に本坊表庭、 蓬来庭、 三重塔附近
蓬来庭の築山の刈り込みは、本尊薬師如来の浄瑠璃世界の具現化の雲やかすみに例えたサツキである。
本坊表庭の刈り込みが美しい。 -
菩堤樹 ボタイジュ菩堤樹 ボタイジュ咲時期：5月中旬本 数：1本場 所：三重塔横樹齢約300年、黄、白色である
夏
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ノウゼンカツラノウゼンカツラ咲時期：6月～ 7月本 数：1本場 所： 本坊前庭体全体で見事に咲き誇る花。その華やかさが人気の花である
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夏椿夏椿咲時期：6月中旬～ 7月上旬本 数：2本場 所：本坊表庭暑い夏、枝先までいっぱい実をつけ次々と咲く白い花は気品があり、涼しげな花である。
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猿滑り サルスベリ （百日紅）猿滑り サルスベリ （百日紅）咲時期：7月上旬～ 9月上旬本 数：1本場 所：蓬来庭古木で大木である。紅紫色の花で、花期が長く百日に渡るという意味で百日紅ともいう。
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フヨウフヨウ咲時期：8月上旬～ 中旬本 数：20本位場 所：本坊表庭アメリカフヨウの花で直径は25cmもあり、大人の顔より大きいのが特徴。参拝者の目を楽しませてくれる。
秋・冬
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不断桜 県天然記念物不断桜 県天然記念物咲時期：9月中旬～翌年の5月上旬本 数：40本ほど（うち4本天然記念物指定）場 所：名勝庭園「蓬莱庭」、円教坊、本堂横など秋から翌年の春にかけて断つことなく開花する高山性の桜で、彼岸桜系統の冬桜。樹齢約280年のものもあり、一年のうち春と秋の二度、満開になり見頃となる。花びらは白色に近く、やや小さい。
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山茶花 サザンカ山茶花 サザンカ咲時期：10月下旬～ 12月まで本 数：50本位場 所：境内円教坊、本坊表庭
花びらは5～6枚で細長く、ツバキのちがいは花びらがパラパラ散るのが特徴で、紅色である。
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もみじもみじ咲時期：10月下旬～ 12月上旬本 数：1000本位場 所：境内一円 全山紅葉の印象は圧倒的で豪華絢爛というべき。古木は約350年以上のものもある。
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椿椿咲時期：3月上旬～4月下旬本 数：100本ほど場 所：名勝庭園「蓬莱庭」、参道など一重咲きや八重咲きなど、江戸椿、肥後椿、藪椿の様々な花が咲く。古木は樹齢約230年のものもある。
