春
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梅、白梅、紅梅梅、白梅、紅梅咲時期：3月下旬～ 4月上旬本 数：30本位場 所：本坊表庭、蓬来庭、表参道
約350年以上の古木で、開花するとみごとである。
古木の枝ぶりも良い。 -
ショウジョウバカマショウジョウバカマ咲時期：3月下旬～本 数：1000株位場 所：参道両側境内一円山野草で一番早く開花する。淡紅色で小さいがたくましく咲いている。
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桜桜咲時期：4月上旬～ 下旬本 数：山桜 20本位 染井吉野 20本位 しだれ桜 2本場 所：境内参道両側 （名神高速附近）表参道のしだれ桜2本は樹齢250年位で開花は非常に美しい。
桜の大木の花見客も多い。 -
日本石楠花 シャクナゲ日本石楠花 シャクナゲ咲時期：4月中旬～ 下旬本 数：20本位場 所：境内と蓬来庭
約350年の古木。高さ3mもある巨大な石楠花である。他所にはあまり類がない。又、白色の花もある。全部日本石楠花で、近年植えられたものはない。
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ドウダン ツツジドウダン ツツジ咲時期：4月中旬～ 5月下旬本 数：50本位場 所：境内と本坊表庭 本堂・ 三重塔附近
樹齢約350年位の古木もあるが、さらさどうだん、岩しだれどうだん、紅花どうだん、等がある。
秋の紅葉がすばらしい。 -
ツツジ、山ツツジ、モチツツジツツジ、山ツツジ、モチツツジ咲時期：5月上旬～ 中旬本 数：100本位場 所：境内
古木が多く、山ツツジなど淡いピンク色の花が咲くと可憐である。
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紅花トキワ マンサク紅花トキワ マンサク咲時期：5月上旬～ 下旬本 数：1本場 所：本坊表庭濃紅色の花はやさしくもあでやかである。花期が長く、満開時は全樹が紅色につつまれる。
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郁子 ムベ （アクビ科）郁子 ムベ （アクビ科）咲時期：5月上旬～ 下旬本 数：2本場 所：本坊表庭淡い紫をおびた白緑色の花で、実はアケビに似ている。
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サツキ （日本サツキ）サツキ （日本サツキ）咲時期：5月中旬～ 6月中旬本 数：300本位場 所：境内、 特に本坊表庭、 蓬来庭、 三重塔附近
蓬来庭の築山の刈り込みは、本尊薬師如来の浄瑠璃世界の具現化の雲やかすみに例えたサツキである。
本坊表庭の刈り込みが美しい。 -
菩堤樹 ボタイジュ菩堤樹 ボタイジュ咲時期：5月中旬本 数：1本場 所：三重塔横樹齢約300年、黄、白色である
夏
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ノウゼンカツラノウゼンカツラ咲時期：6月～ 7月本 数：1本場 所： 本坊前庭体全体で見事に咲き誇る花。その華やかさが人気の花である
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夏椿夏椿咲時期：6月中旬～ 7月上旬本 数：2本場 所：本坊表庭暑い夏、枝先までいっぱい実をつけ次々と咲く白い花は気品があり、涼しげな花である。
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猿滑り サルスベリ （百日紅）猿滑り サルスベリ （百日紅）咲時期：7月上旬～ 9月上旬本 数：1本場 所：蓬来庭古木で大木である。紅紫色の花で、花期が長く百日に渡るという意味で百日紅ともいう。
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フヨウフヨウ咲時期：8月上旬～ 中旬本 数：20本位場 所：本坊表庭アメリカフヨウの花で直径は25cmもあり、大人の顔より大きいのが特徴。参拝者の目を楽しませてくれる。
秋・冬
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不断桜 県天然記念物不断桜 県天然記念物咲時期：9月上旬～ 翌年の 5月上旬 まで本 数：７本場 所：境内円教坊、本坊表庭、本堂横秋冬春に開花する高山性の桜で彼岸桜の系統の冬桜に属する樹齢250年のものもある。花びらは白色に近く、やや小さい。
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山茶花 サザンカ山茶花 サザンカ咲時期：10月下旬～ 12月まで本 数：50本位場 所：境内円教坊、本坊表庭
花びらは5～6枚で細長く、ツバキのちがいは花びらがパラパラ散るのが特徴で、紅色である。
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もみじもみじ咲時期：10月下旬～ 12月上旬本 数：1000本位場 所：境内一円 全山紅葉の印象は圧倒的で豪華絢爛というべき。古木は約350年以上のものもある。
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椿椿咲時期：12月下旬～ 4月上旬本 数：100本位場 所：境内、本坊表庭山椿のほか珍しい玉の浦、祝の盃、月照、白陀助、紅陀助がある。
古木は200年以上の木もある。
